NGS Calculator

Инструмент для планирования экспериментов секвенирования нового поколения (NGS). Работает полностью в браузере, без установки.

🔗 Открыть калькулятор онлайн

---

Возможности

Планирование ёмкости ячейки

• 4 режима расчёта:
  • Размер панели + Покрытие — для WGS, WES, таргетных панелей
  • Ампликоны + Покрытие — для ампликонных панелей (1 ампликон = 1 рид)
  • Данные на образец — когда известен требуемый объём в Мб/Гб
  • Риды на образец — когда протокол задан в млн ридов
• Автоматический перевод циклов в длину рида (SE / PE)
• Учёт качества: % дупликатов и % ≥Q30 для расчёта полезного выхода

Калькулятор молярности и разведения

• Конвертер нг/мкл → нМ с учётом длины фрагмента (формула: nM = (ng/µL × 10⁶) / (660 × length_bp))
• Расчёт разведения: введите объём стока и получите объём буфера для целевой концентрации

Подготовка к запуску (GeneMind / Геноскан 4000)

• Пошаговая памятка: денатурация → первое разведение (4 nM → 20 pM)
• Калькулятор второго разведения: выберите загрузочную молярность (1.4–4.4 pM), получите объёмы 20 pM библиотеки и Hybridization Solution для финальных 1500 мкл
• Легко расширяется на другие платформы (архитектура готова)

Интерфейс

• Автоматическая тёмная/светлая тема (prefers-color-scheme)
• Полностью адаптивный дизайн — удобно с телефона и планшета

---

Как пользоваться

1. Расчёт ёмкости ячейки

1. Выберите платформу → инструмент → Flow Cell → циклы
2. Укажите режим секвенирования (SE / PE) → длина рида рассчитается автоматически
3. Выберите режим планирования:
   • Размер + Покрытие: введите размер таргета (Мб/Гб) и желаемое покрытие (X)
   • Ампликоны: укажите кол-во ампликонов и покрытие на каждый
   • Данные: введите требуемый объём на образец (Мб/Гб)
   • Риды: введите млн ридов на образец
4. (Опционально) Откройте Доп. параметры и укажите % дупликатов / % Q30 для более реалистичной оценки
5. Нажмите «Рассчитать ёмкость»

2. Конвертация молярности

1. В блоке «Калькулятор молярности» введите:
   • Среднюю длину фрагмента (п.н.)
   • Концентрацию библиотеки (нг/мкл)
2. Нажмите «Перевести в нМ» → получите молярность

3. Расчёт разведения

1. После конвертации (или вручную) укажите:
   • Концентрацию стока (нМ)
   • Целевую концентрацию пула (нМ)
   • Объём стока для разведения (мкл)
2. Нажмите «Рассчитать разведение» → получите:
   • Объём буфера для добавления
   • Итоговый объём смеси
   • Фактор разведения (×)

4. Подготовка к запуску (GeneMind)

1. Выберите платформу GeneMind → инструмент GenoLab M / Геноскан 4000
2. В появившемся блоке ознакомьтесь с памяткой по денатурации и первому разведению
3. Выберите загрузочную молярность (1.4–4.4 pM)
4. Нажмите «Рассчитать второе разведение» → получите объёмы для финальной смеси 1500 мкл