kidney-papilla-visium

复刻 Canela et al., Nat Commun 2023 空间转录组主图：

• Fig 1g–o：snRNA → Visium label transfer
• Fig 3e–j：结石 vs 对照空间比较
• Fig 4a–i：矿化区 ROI 差异分析

与 Lake 2023 kidney-atlas 独立仓库：不同 GEO、不同 data/ 缓存。

数据（GEO）

编号	内容
GSE206306	Visium（~1.5 GB RAW）
GSE231569	乳头 snRNA + GSE231569_papilla_samples.RDS.gz

RunPod 快速开始

export KIDNEY_PAPILLA_ROOT=/workspace/kidney-papilla-visium
cd /workspace

git clone https://github.com/Tepeng0213/kidney-papilla-visium.git "$KIDNEY_PAPILLA_ROOT"

bash "$KIDNEY_PAPILLA_ROOT/runpod/setup.sh"
bash "$KIDNEY_PAPILLA_ROOT/runpod/download_geo.sh"

Cursor SSH

1. Remote-SSH → runpod-kidney（与 kidney-atlas 同一 Pod）
2. File → Open Folder → /workspace/kidney-papilla-visium

详见 runpod/CURSOR_SSH.md。

Notebook

import papilla_paths as pp
pp.setup_project_dirs()
pp.print_paths()

环境变量（可选）：export KIDNEY_PAPILLA_ROOT=/workspace/kidney-papilla-visium